Pero si bien es cierto que se desconfiaba de la llamada Doncella de Orleans por afirmar que Dios la había guiado a luchar como soldado durante la Guerra de los Cien Años, la verdadera razón de su ejecución en 1431 es más inusual.
En mayo de 1430, Juana fue capturada y encarcelada por sus enemigos ingleses y borgoñones.
Un juicio por herejía comenzó en 1431, con preguntas centradas en su fe y visiones. Se persiguió el delito de llevar ropa masculina, también una herejía. Juana había hecho esto en repetidas ocasiones, primero como soldado con armadura y luego durante su encarcelamiento como defensa contra la violación.
Sorprendentemente, fue por esa última ofensa por la que finalmente fue ejecutada, pues se volvió a poner ropa masculina, a pesar de que había prometido renunciar a ella.